A sorozat cselekményszálát követi a film. Azt mutatja be, miként próbál Edward és Alphonse a két világ határát átlépve újra együtt lenni. A sorozat végén Al, aki visszanyerte eredeti testét és cserébe elveszített emlékezetét, abban a világban maradt, ahol felnőttek, ám Edward egy olyan világba került, amely megfelel a mi világunknak, 1923-ban.

A világháború fenyegétésében, és persze az alkímia hiányában Edward érdeklődése más irányt vesz: tudományos technológiák, rakéták. Ekkor ismerkedik meg Alphonse Heidrich-hel, aki tökéletes mása lehetne öccsének, később vele osztja meg életét, és élményeit. A hitleri Németországban vagyunk, ahol a Führer minden eszközt meg akar ragadni, hogy Németország győzelmet arasson a háborúban. Ekkor merül fel Sambala legendája. Egy város a kapun túl. Edward szokásos módon jócskán belekavarodik az eseményekbe.

Eközben a másik világban Alphonse keresi emlékeit és persze bátyját. Mindenki tudja, hogy Ed meghalt, ám Al álmaiban látja egy nagyon furcsa világban. 2 új szereplővel megjelenik: Noa, jós tehetségű cigánylánnyal, akit Ed mentett meg és egy német doktornővel, aki megnyitja az átjárót.